はい、仰る通り、どう変更しようと動作に支障のない部分であっても手間のかかった作品には違いありません。
「大したことではない」と言ったのは、そこだけを安全に抽出して誰でもいじくれるようにしているeXeScopeが偉いのであって、eXeScopeを使う人に大したスキルは要求されないという事です。
作る立場を想像すると、変更された状態で流通すると今後の円滑なアップデートの妨げになりますし、個人が勝手に使う分には黙認するとしても決してお奨めはできない。自分が作ったものと違うものに自分の名前がついたまま拡散するのも非常に困る。動作に関係ない部分で各自使いやすいように変更されるのは悪くない気がしますけど、その境目ですかね。